Eesti Merekoolis viiakse läbi merendusalast kutseõpet ja täiendusõpet vastavalt Meremeeste väljaõppe, diplomeerimise ja vahiteenistuse aluste rahvusvahelisele konventsioonile 1978 koos muudatustega (STCW) ja Eesti Vabariigi õigusaktidele, ISO 9001:2015 standardile ja Veeteede Ameti poolt väljastatud tegevusloale nr. 439. Kogu õppeprotsessi toetab Eesti Merekooli kvaliteedijuhtimissüsteem.